@s.o.: Er möchte die Wartezeit des Timers per PC einstellen und dann den Mikrokontroller vom PC abziehen, der die Wartezeit dann aber nicht vergisst.

Bsp:
1. Verbinden mit PC.
2. Am PC eingeben: Sleep(2000); //Bedeutet: "2 sekunden warten"
3. Verbindung mit PC lösen.
4. Zwei Sekunden warten.
5. Aufleuchtende LED bewundern.

Dein "Problem" ist eher eine Aufgabe. Diese Aufgabe beinhaltet verschiedene Problemstellungen/Teilaufgaben:
- Timer variabel gestalten
- Datenkommunikation mit PC

Das ist alles nicht sooo schwierig. Aber wir werden nicht das Programm für Dich schreiben. Du musst es schon selbst versuchen, wir helfen Dir dann.
Ich gebe Dir folgende Tipps: (Such doch dazu einfach mal Tutorials und VERSTEHE sie)
- RS232-Kommunikation zwischen PC und Atmel (Mikrokontroller)
- Timer-Programmierung für Mikrokontroller