Ok Ok,
ich bin von einer "normalen" Motorsteuerung ausgegangen
Also mit Timer1 kannst du Problemlos zwei 16Bit PWM Aufbauen, für einen Dritten mit der gleichen Auflösung müsstest du es tatsächlich in Software machen, ob das möglich ist richtet sich natürlich nach deiner Anwendung, sprich der verfügbaren Rechenzeit.
Wenn du allerdings mit 8 Bit auskommst ist es kein grosses Problem es mit einen 8 Bit Timer zu machen (natürlich abhängig von der PWM-Frequenz)