Ok ich bin selbst drauf gekommen, war auch mehr als einfach...

Ich schreibs mal als Doppelpost damit mans besser als Lösung erkennt.

Einfach den Input-Pin über den Pullup auf High setzen,
den Kollektor an den ATmega und den Emitter an GND.
Wenn der Transistor schaltet wird der Input Low wenn die Lichtschranke unterbrochen wird wieder High.

So einfach kanns gehen.
Kaum schreibt man das Problem auf findet man auch gleich die Lösung *g*