Um Dir da vernünftig weiterzuhelfen, müsstest Du mal Dein makefile posten.

Allerdings kann oberallgeier nur zustimmen: Wenn Du komplett im AVR-Studio programmierst, brauchst Du Dich um das makefile gar nicht mehr zu kümmern. Als der GCC noch nicht ins AVR-Studio eingebunden werden konnte, habe ich mich auch mit makefiles rumgeschlagen und bin ganz glücklich, dass ich das jetzt nicht mehr machen muss.

Gruß,
askazo