Du könntest die Schaltung auf 2 Leiterkarten aufteilen und vor dem ausdrucken mit Inkscape 1 Leiterkarte daraus machen.
Quasi so als würdest du eine Leiterkarte nehmen und in der Mitte durchschneiden.
Ist aber bestimmt kompliziert zu machen...
Mit Inkscape kannst du aus Eagle exportierte PDF-Daten öffnen, allerdings werden die ziemlich groß und es kann sein, dass dein Rechner sich beim bearbeiten aufhängt...