Hallo Atom-Dragon,
... mein Problem ist jetzt das wenn der RP6 auf On geschaltet ist aber kein Programm läuft die I/O Pins immer auf High sind ...
Ja, die Portpins werden dann auf Eingang geschaltet und das ist dann wie ein Highpegel.
Wie du auch schon geschrieben hast: Wenn du die Stromversorgung über Portpins schaltest, bleibt nur die Variante "active low", also bei Portpin = 0 ist die Stromversorgung eingeschaltet.
Sehr gut nutzbar ist für Stromsparzwecke auch PWRON (PB4) des RP6, allerdings ist das Signal auch high bei "Power on". Man kann dann aber weitere Hardware zusammen mit RP6-Sensoren abschalten, um Strom zu sparen.

Gruß Dirk