Ja, es müssen exakt diese Frequenzstufen von 327,68Hz sein! Das ist ganz wichtig. Und mit möglichst wenig Jitter, so scheidet dann auch DDS aus.
Ich Denke so lange man nicht auf die internen Frequenzvervielfacher zurückgreift sollte sich der Jitter bei der DDS doch in Grenzen halten.
Die Frequenzstufen von 327,68Hz sollten sich auch mit einer DDS durch die Wahl einer geeigneten Taktfrequenz herstellen lassen.
Und auch eine PLL hat einen Phasenjitter.

Die Einstellung der Frequenz ließe sich am einfachsten per Microcontroller und SPI bewerkstelligen.
Die Frequenzvorgabe könnte dann dabei vom PC per RS 232 oder USB zum Microcontroller erfolgen.

Guck mal bei Analog Devices unter den Bausteinen AD 9851, bzw AD9951 - eventuell wäre ja einer von denen geeignet ?