Für die Ladungspumpe braucht man keinen Superkondensator. Bei dem wirklich kleinen Strom reichen da kleine Keramische von z.B. 100nF und eine PWM Ausgang des AVR. Das hat bei mir sogar für eine LM324 gereicht (ca. 2 mA).
Die Schaltung sollte hier :
http://de.wikipedia.org/wiki/Ladungspumpe
erklärt sein. Hier reicht schon eine Stufe aus.

Allerdings gibt die Ladungspumpe die doppelte Spannung weniger der Verluste an den Dioden. Das sollte in diesem Beispiel etwa 2*3.6 V - 2*0,6 V = 6 V am Ausgang geben.