CKOPT gibt es nicht. Full Swing Oszillator braucht man nur wenn man an XTAL2 noch einen weiteren µC mit Takt versorgen will.
Was hast du für Fuses gesetzt?
Die Leitung über einen Stecker ist sicher nicht optimal, sollte aber in erster Linie ein Störungsproblem sein.
Ob du auch sicher an den richtigen Pin des 2560 bist, wirst du ja kontrolliert haben.