Also das mit den Kondensatoren ist so eine Sache. 1000F ist mit Sicherheit ne Menge, mit einem kleinen Lipo fährst du aber gewichts- und kapazitätsmäißg sicher besser.

Was die Pocket-PC Steuerung angeht, hast du wahrscheinlich zwei Möglichkeiten: Du schließt über die serielle Schnittstelle einen Microcontroller an und benutzt diesen als langen Arm für Ein- und Ausgänge. Die Logik kann ja zum größten Teil im Pocket-PC bleiben.
Die zweite Möglichkeit ist etwas esoterisch: Du könntest mit der seriellen Schnittstelle per Bit-Banging mehrere Schieberegister ansprechend und so ein paar Ein- und Ausgänge "simulieren". Sachen wie Interrupts und PWM kannst du dann aber vergessen.

Vorraussetzung bei alldem ist natürlich, dass du den PocketPC in irgendeiner Sprache vernünftig programmieren kannst.

Ich hab sowas ähnliches mal mit einem alten Palm gemacht, das hat zwar grundsätzlich funktioniert, die dazu geschriebene Software / gebaute Hardware würde aber jedem Informatiker / Elektroniker die Tränen in die Augen schießen lassen