Den Innenwiderstand der LEDs kannst du nicht messen, du kannst nur die Duchflussspannung messen. Wenn du die Quellspannung erhöhst steigt der Strom und wird nur durch den Innenwiderstand der Stromquelle oder einen Vorwiderstand begrenzt, oder die LED stirbt.
Wenn du das Poti auf 0Ohm drehst wird der Basisstrom nur durch die Last die im Emitter liegt begrenzt. Das könnte für den µC zuviel werden.