Also das versteh ich nun nicht genau warum der µC kaputt geht und wieso meine andere masse davon driftet?
Weil wenn du ohne Bezugsmasse messen willst, die zu messende Spannung schnell einmal +/- 100V und mehr bezogen auf die uC Masse betragen kann. (Wenn eine Spannungsquelle gemessen wird die unabhängig von der Masse der messenden Schaltung ist.)
Wenn die Messung über längere Strecken geht, können dass auch gerne ein paar 1000V sein.
(Besonders wenn ein Umspannwerk in der Nähe ist.)

Also mal dazu was ich überhaupt machen will ich habe eine SPannungsquelle für den µC und eine andere Spannung welche von einer andere Wicklung des Trafos kommt und ich möchte diese Spannung messen.
Diese Andere Spannung ist doch hoffentlich gleichgerichtet?
Und warum willst du da umbedingt die Spannung Potentialfrei messen?
Da kannst du einfach bezogen auf die Masse des uC's messen.

@Besserwessi
Er will doch nur die Versorgungsspannung messen und keine hochgenaue Sensormessung durchführen.
Da hätte auch ein diskreter Aufbau gelangt der in etwa 50Cent gekostet hätte.
Wenn es wirklich nur eine 2. Spannung des selben Traffos messen will, reicht wirklich ein Spannungsteiler bzw. ein simpler OPV-Verstärker mit einem Verstärkungsfaktor < 1.
(Solange er die selbe Bezugsmasse verwendet.)