Es kommt ein bischen auf die nötige Helligkeit der LEDs an. Wenn man nicht ganz die maximale Helligkeit braucht, wäre ein Matrix 16x32 der richtige Weg. Wenn die maximale Helligkeit braucht wäre wahrscheinlich ein Aufbau 8 x 64 besser. Da müßte man aber noch mal m Datenblatt nach dem maximalen Strom beim PWM betriebn nachschauen.

Als treiber wird man für die 32 (oder64) Ausgänge die ULN2803 oder ähnliches nehmen können, denn man braucht da nur etwa 200 mA, eher weniger. Dazu kommt dann jeweils ein Widerstand um den Strom zu begrenzen.

Für die andere Seite der Treiber (16 oder braucht man schon deutlich kräftigere Treiber, denn da müßen bis zu 64*200 mA = 12,8 A fleißen können. Auch bei der 16 x32 Matrix noch bis zu 6,4 A oder etwa weniger, wenn man mit weniger Strom auskommen will, wegen weniger Helligkeit.
Da kommen als Treiber P-Kanal MOSFETs oder auch größere PNP Transistoren in Frage. Als Spannungsversorgung wird man etwa 4-6 V brauchen je nach Treibern und LEDs. Bei so vielen LEDs sollte man auch über eine Sicherung nachdenken die den Strom abstellt, wenn das Programm ausfallen sollte. Für einen Erste Test sollte man erst mal was kleiners z.B. 7x7 LEDs oder alternativ eine 7 Sigmentanzeige aufbauen.
Für die 48 Ausgänge wird man wohl eine Portwerweiterung per Scheiberegister oder ähnliches Brauchen.