Fast.

Do
Timer mit 0 starten und hochzählen lassen mit aktivierten OC-Pin
Timer erreicht Compare wert z.b 100
Compare Match setzt Timer auf 0 zurück und setzt OC-Pin auf low
-> hier den Timer anhalten und wahlfrei "irgendwann" wieder starten mit OC-Pin auf low
-> Nach dem NeuStart, bei dem der Pin wieder zu setzen ist:
Timer zählt wieder bis Compare hoch
Compare löscht wieder Timer, deaktiviert wieder OC-Pin
Loop

Aber das von dir skizzierte Szenario müsste ebenfalls funktionieren, dann hätten wir halt doch ein symmetrisches (Low-Hi-Anteil) PWM-Signal.
Wenn ich das dann richtig interpretiere, läuft das ja inzwischen einwandfrei in deinem Copter

Mich stört hieran nur die geringe Auflösung. Das ist der fehlenden Prescalerstufe 32 geschuldet, richtig?