Hi Tony,
ich habe SiProg als Hardware und Ponyprog als Software verwendet.
Im ZIP von Willa ist ein Bild mit den Fuse-Einstellungen für Ponyprog, das war also einfach -> Haken entsprechend dem Bild (oder heißt das entsprechend des Bildes ) setzen und "Schreiben" clicken, anschließend die HEX-Datei laden und "Device laden" ausführen. Damit wird sowohl der Programmspeicher (Flash) als auch ggf. ein Datenspeicher-Inhalt geschrieben.
Ach ja, vorneweg muss natürlich noch der passende Atmel selektiert werden.

Deine Programmierumgebung kenne ich nicht, aber ich denke, die Fuses werden ähnlich bis identisch benannt sein, du musst also ein Menü finden, mit dem du die Fuses auslesen/einstellen/brennen kannst, anschließend den HEX-Inhalt mit dem entsprechenden Befehl aus der Datei einlesen und in den Ateml brennen - fertig