Hmm, da fällt mir nu leider auch nicht mehr ein, wenn du die Punkte alle schon durchgegangen bist. Hier hilft dann nur experimentieren, mal anderen Rechner, anderen Dongel oder anderes Board ausprobieren um Problem einzukreisen.
Ein Defekt von Controller oder Dongel ist wirklich sehr sehr selten, aber ausgeschlossen ist nix. Ich kann nur nochmal betonen das die AVR´s beim programmieren keine überkreuzenden Netzleitungen am Programmierkabel mögen.

Ich bin übrigens dazu übergegangen bei neuen Board´s die SCL Leitung des ISP übe reine LED am Board zu überwachen. Das ist z.B. bei RN-Motor der Fall. Das hat sich als recht praktisch erwiesen, da kann man dann zumindest schon mal sehen ob der ISP Daten sendet.