Also den Aufbau mit PHP & Co kenn ich schon.
Zur Zeit ist es so,dass ein Server A die ganze Oberfläche bietet, also Webseite, PHP etc. Server B (der, der ausgetauscht werden soll) beinhaltet nur die Datenbank und ist auch nur über Port 3306 erreichbar. Fällt der aus, läuft zumindest die Webseite noch und alle php-Daten, die keinen Datenbankzugriff brauchen.
Die .php greifen also nicht kalssisch per "localhost" drauf zu.

aber das mit dem eigenen "Protokoll" wär wohl das einfachste. Geändert sind die phps ja gleich.