Natürlich geht das.
Du musst dafür nur einen Timer entsprechend konfigurieren, den Timer beim Start der Rückwärtsfahrt anschmeißen und bei einem Output Compare Match die Rückwärtsfahrt stoppen. Wenn das jetzt böhmische Dörfer für Dich sind, lies Dir mal im AVR-Datenblatt das Kapitel über Timer bzw. die Artikel dazu im Wiki durch. Timer gehören zur wichtigsten Peripherie, die ein µC zu bieten hat.

Gruß,
askazo