Kurzzeitig sollten die AVRs es vertragen wenn 2 Ausgänge gegeneinander arbeiten. Es wäre aber wohl besser wenn Reset schneller oder sogar zuvor auf low gesetzt wird.

Für weniger Störungen sollte man beim Programmer ohnehin Widerstände von etwa 100-470 Ohm in den Leitungen haben. Damit wird dann unter anderem auch der Strom begrenzt und Programmierer und Zielschaltung sind etwas geschützt.