Wenn Du kein Print und $baud benutzt, stört das insoweit die UART nicht, weil die dann garnicht aktiviert wird. Man sollte eher sagen das stört alles andre nicht.
Man muss aber beim RN-Control (und anderen Boards) darauf achten, wenn man diese Pins für was anderes verwenden will als für UART, das man dann den MAX232 rausnimmt, da der die Eingangsleitung sonst so hinzieht wie er meint.

Zum ISP, die Ports beim AVR sind ja so ausgelegt, das die 5V aushalten. Nur zuviel Strom sollte da nicht durch (max. 20mA), was beim Anschluss eines LCDs auch nicht passiert.
Was aber passieren kann, wenn beide, also LCD und ISP-Adapter, gleichzeitig angeschlossen sind, daß entweder das LCD oder ISP nicht geht. Dann muss man derweil das andre abstecken.