Der größte Unterschied ist das Kompilat.
C++ ist eine Compilersprache, d.h. der geschriebene Code wird compiliert und das Produkt der Compilierung wird dann ohne weiteres auf dem µC oder PC ausgeführt.
Java ist eine Mischform aus Compiler- und Interpretersprache, d.h. der geschriebene Java-Code wird zu einem Zwischencode (sog. Bytecode) compiliert, der dann wiederum auf dem Zielgerät interpretiert (d.h. von einem weiteren Programm ausgeführt) wird. Der Vorteil davon ist, dass ein einmal compiliertes Java-Programm auf jeder Architektur und jedem Betriebssystem läuft (Windows, Linux, Arm, Mac), (sofern es dort eine Java-VM gibt).
Das merkt man immer daran, dass man ein Java-Programm nur ausführen kann, wenn man eine Java-VM auf dem Rechner installiert hat, aber ein C++-Programm funktioniert ohne jede weitere Software.

Das wäre für den µC dann auch der Fall. D.h. Du schreibst ein Java-Programm und überträgst es in den Speicher, wo bereits die VM liegt, die das Programm dann lädt und interpretiert. Das bedeutet aber automatisch den Verlust einiger der Vorteile, die einen µC von einem PC unterscheiden: Zeit- und hardwarenahe Programmierung.