Hier gibt es eine Java VM, die auf einem ATMega8 läuft. Java auf AVR geht also.
Ob es allerdings sinnvoll ist, ist ne andere Sache...

Die Standardsprache für Mikrocontroller-Programmierung ist C. Für Deine Ingenieurkarriere wäre es wohl m.E. sinnvoller, wenn Du Dich mit C beschäftigen würdest. Vor allem, wenn Du Dich später im Berufsleben auch mit Mikrocontrollern beschäftigen möchtest.
Außerdem findest Du für C wesentlich mehr Support und frei verwendbaren Code, z.B. für SPI-Schnittstelle o.ä.

Gruß,
askazo