Kondensatoren an den Signalleitungen werden alleine noch nicht viel bewirken. Sinnvoll wären eher RC Glieder.
Allerdings ist das Problem auch noch nicht zu ganz klar. Wie äu0ert sich der Fehler: Stopt der Controller, Startet der Controller neu, oder sind Ausgänge falsch (Fehler in den 74HC... Ics).

Mit Entkopplun bei Vcc ist gemeint, das man nicht VCC von allen Chips zusammenschließt, sondern zwischen der Spannung vom Regler und einigen Chips oder Gruppen noch einen Widerstand und/Oder eine Spule hat, so wie man es oft bei AD Wandlern macht. Das wird hier aber auch eher wenger das Problem sein.

Wenn ein Problem ist, das der Controller einen Reset macht, könnte ein kleiner Kondensator (ca. 1 nF) am MCLR Pin helfen. Hilft zuminestens recht gut bei den AVRs gegen einen versehentlichen Reset.