Ein paar Elkos am USB sind sicher nötig, denn der Schaltwandler zieht den Strom pulsweise. Viel mehr als ein paar 100µF sollten aber nicht nötig sein, dafür besser auf low ESR oder wenigstens genug Strombelastbarkeit achten.

Den BC140 als externen Transistor zu nehmen macht nicht viel Sinn, denn der interne im MC34063 ist eher kräftiger.

Eigentlich sollte der Regler auch ohne den Rsense gehen, es könnte aber beim Starten schon zu viel Strom fließen, wenn die Elkos eher groß sind. Der kleine Widerstand ist gerade dafür da um auch den Strom bein Einschalten zu begrenzen.
Mit 20 kOHM Basiswiderstand fließt da einfachnicht genug Strom, da ist es normal dass kaum 1 mA rauskommt.

Ein Schaltregler und dann noch ein Linearregler ist nicht verkehrt. Allerdings verschnkt der 7818 ziehmlich viel, da sollte man wenigstens einen Low drop regler nehmen, denn die Leistung ist ohnehin schon sehr knapp. Wenn es nicht wirklich um sehr kleine Spannungen unter 1 µV geht, dann sollten die OPs aber auch ohne den extra Regler auskommen. Für die Referenz könnte man ja dann noch einen 78L12 oder so dazu nehmen.