In dem Fall ist die Reihenfolge egal, da das Programm bzw. dortige Warteschleifen im einen Fall 16x zu langsam laufen, im andern 16x zu schnell.
Wenn kein "Mist" vom Programm gemacht werden soll:
Chip Erase, Fuses auf den externen Quarz umstellen und ne neue Programmversion draufspielen.

Wenn das Programm auf dem Controller bereits auf 16MHz ausgelegt ist, dann reichts, wenn die Fuses geändert werden.