Ich meine in deiner Schaltung ist ein grundlegender Fehler.
Du hast die LED alle in Reihe geschaltet, also wenn ein Transistor und der letzte Port rechts aktiviert werden leuchten alle 3 LED ( theoretisch, wenn die Schwellenspannung ausreichen würde ! ) .
Ich vermute, Du hast die LED's richtig verschaltet und nur einen falschen Schaltplan eingestellt ?!

Ausserdem würde ich für die Transistoren PNP Typen verwenden.
In deiner jetzigen Konzeption mit NPN Transistoren verlierst Du die BE Spannung am Transistor + die Verluste von deinem Microcontroller mit 0,1...0,3V. Insgesamt also ca. 0,8V.
Das könnte eventuell auch das minimale dunkler werden der LED teilweise erklären.

Bei der Benutzung von PNP Transistoren in der + Leitung geht aber nur die CE Spannung in höhe von ca. 0,2V verloren.
Die PNP Transistoren müssen natürlich mit GND über einen Widerstand vom Microcontroller angesteuert werden. Aber das dürfte ja programmtechnisch nicht wirklich ein Problem sein.
Bei einem P-Kanal FET dürfte der Spannungsverlust sogar noch weniger sein.