Hallo,
ich habe mir dein Programm jetzt nicht genauer angesehen. Aber könnte es sein, dass der µC schon einen Interrupt durch die extern anliegende Frequenz bekommt, bevor er nach einem Reset in die Hauptschleife kommt? Und könnte es deshalb sein, dass da etwas anders abläuft, als du es dir vorstellst?
Vielleicht kannst du das mal checken.

Gruß

Rolf