Also wie muss ich nach den schreiben eines programmes weiter vorgehen??
Am besten orientierst du dich an den vorhandenen Beispielen. Jedes Beispiel (= Programm) hat ein eigenes Verzeichnis z.B. im Verzeichnis RP6BASE_EXAMPLES.

In diesem eigenen Verzeichnis sind dann mind. folgende Dateien:
MyProg.c <- Das ist dein geschriebenes Programm
makefile <- Das ist das makefile, in dem du dein Programm eintragen must: TARGET = MyProg
make_all.bat <- Einfach kopieren aus einem anderen Beispiel
make_clean.bat <- Genauso kopieren.

Im PN (Programmer's Notepad) klickst du dann in Tools auf [WinAVR] Make All, wenn dein Programm MyProg.c im Fenster zu sehen ist.
Dann wird daraus das .hex-File kompiliert, das du mit dem RP6Loader in den RP6 befördern kannst (natürlich nur, wenn das Kompilieren fehlerfrei abgelaufen ist).

Gruß Dirk