Der Schaltplan ist lesbar, aber nicht gerade übersichtlich. Das hat aber weniger mit dem Programm zu tun, kann mit Eagle auch schlechter kommen.

Die Schaltung sieht sonst gut aus. Vor die gates des Fets sollten noch Widerstände von ca. 50-220 Ohm, um HF Überschwinger (MHz Bereich) zu vermeiden. Das ist besonders bei einem nicht so guten Layout wichtig.
Der Widerstand zur Strommessung wäre wohl besser zwischen GND und den FETs, dann wird der Rest der Schaltung einfacher. 0,1 Ohm sind wohl auch etwas viel.
Eventuell noch ein transzorb oder so in die Versorgungsspannung. Bei der Freilaufdiode sollte man ein größere (für den Motorstrom ausreichend) Shotkydiode nehmen und ggf. auch kühlen

Ps: Etwas entstörung des Motors wäre eventuell auch nicht schlecht.