Ich glaube ich verstehe jetzt die Frage nicht ganz.
Du wirst vermutlich vom Schieberegister nur die Eingänge benutzen ?!
Die sind aber üblicherweise hochomig und beeinflussen die ISP normalerweise nicht.
Pull Up Widerstände über 4,7k Ohm sollten die ISP auch nicht stören.

Ein Problem könnte sein, das die Programmierimpulse für den Controller die SPI und damit das Schieberegister beeinflussen und willkürlich irgendwelche Pegel am Ausgang des Schieberegisters setzen.

Aber wie gesagt, so ganz habe ich die Frage nicht verstanden.