Hi Jens,
Beim mega32 hast du keine Probleme.
Der Code für die Zeitmessung dürfte ja auch nicht so groß sein.

Wenn die Zeitmessung für Start - Ziel Lichtschrankenmessung ist, würde ich Optokoppler kurz vor Pineingang schalten.
Je nachdem wie lang die Zuleitungen sind, kann es zu Störungen oder statischen Aufladungen kommen. Benutze geschirmte Zuleitungen.
Wieso benutzt du nicht diese Jumbo LED 7 Segment Anzeigen?