Nun, ich kenne den FAT-Aufbau nicht im Detail, aber jedes Dateisystem beinhaltet auch immer eine relativ einfache Möglichkeit (z.B. eine Tabelle), um zu erkennen, welche Blöcke frei und welche belegt sind. Das ist ein integraler Bestandteil des Dateisystems, denn es wäre schon ziemlich ineffektiv, wenn man sich auf der Suche nach einem freien Block (z.B. für eine neue Datei) durch alle existierenden Dateien hangeln müsste.
Diese Tabelle/Liste/WasAuchImmer musst du nur durchgehen und die jeweiligen Blöcke (frei/belegt) aufaddieren.