Ich find die Idee Klasse! Es gab ja auch schon rekorde mit selbstgebauten autonomen fliegern die auf die entfernungen geflogen sind und genau landeten, da muss es doch mit dem boot auch machbar sein.

Was die stromversorgung angeht: Akkus sind empfindlich auch zu themperaturschwankungen, das kann im wasser zum problem werden wenn die themperatur auf knapp über 0 runtergeht.
Wie wärs mit einer radikaleren lösung (die aber auch ein recht großes boot voraussetzt): du willst doch das ding regelmäßig auftauchen lassen? Dann kann es ja auch mit einem bordgenerator schnorcheln und die batterien/kondensatoren aufladen. Als generator könnte ein kleiner motor von zB flugmodell dienen, mit einem brushless motor als starter und generator.