Über die Genauigkeit braucht man sich auch nicht so viele Gedanken machen. Selbst wenn die Testkörker sichmit 10 m/s bewegen, gibt das in 1 µs nur 10µm. So genau von der mechanischen Position sind allermeisten Lichtschranken ohnehin nicht. Schon 0,1 mm wäre recht gut für eine Lichtschranke.

Wenn man den Timer erst mit der ersten flanke startet, könnte man sogar schon mit der 16 Bit Auflösung von Timer 1 Auskommen, und kann sich den ganzen Umstand mit den Überläufen sparen. Das Hängt aber natürlich von konkreten Aufbau ab.