Jedoch verstehe ich nicht wenn ich LED1(oben links) einschalte diese mittels PWM ausschalte und LED2(oben mitte) anschalte mit einer PWM, dass ein Übergang entsteht, denn ich kann ja erst softwaremäßig aus der ersten PWM Schleife sofern die LED1 sich ausgedimmt hat also dunkel ist.
Ja, im Prinzip hast Du ja recht. Da aber das menschliche Auge ein langsames Ding ist (im Vergleich mit den Taktzeiten in einem uC) nimmt es die Veränderung nicht so schnell wahr --> die einzelnen LEDs "verschwimmen" zu einem Bild.
Du siehst ja bei einer Glühbirne auch nicht, dass diese 50mal in der Sekunde ein- und ausschaltet.

Als minimale Geschwindigkeit gilt >20fps (Du musst also die LED-Matrix in einer Sekunde mehr als 20-mal mit dem gewünschten Bild neu beschreiben), damit ein halbwegs stehendes Bild für die Augen entsteht.