Öhm, warum? Z-Dioden gibt es in unterschiedlichen "Geschmacksrichtungen",
will heißen, mit unterschiedlichen Durchbruchsspannungen und Leistungswerten.
Die Wahl des Widerstandes hängt vom Strom ab, den du erwartest. Nach U = R*I (Ohmsches Gesetz) kannst du dir die abfallende Spannung berechnen.
Wenn du jetzt sagst: Ich habe einen ATMegaXYZ mit interner Referenzspannung 2,5V oder 1,1V, dann musst du deinen Leistungswiderstand so wählen, dass du innerhalb dieser Schranken bleibst, um vernünftig Messen zu können.

Die Schutzbeschaltung des Eingangsports ist davon erst einmal unabhängig, wenngleich die Z-Dioden natürlich nicht unter der Zielspannung durchbrechen sollten

mfG
Markus