Den Ladestrom zu unterbrechen (mit Transistor oder was auch immer) halte ich für keine gute Idee. Dein Ladegerät unterbricht den Ladestrom ja auch zyklisch, um die Akkuspannung zu messen und auszuwerten. Wenn Du nun genau zu dem Zeitpunkt auch unterbrichst, macht Dein Ladegerät eine Fehlmessung mit unbekannten Folgen...

1.) Entweder die Kiste doch aufschrauben (musst Du eigentlich sowieso, wegen der vernünftigen Spannungsversorgung für den AVR) und den Transistor für den Ladestrom suchen. An diesem kannst Du Dir dann ein Triggersignal abgreifen, wann die Ladeunterbrechung stattfindet)...usw, ...

2.) Rein theoretisch zumindest könnte man auch permanent die Akkuspannung sampeln und sozusagen online auswerten, wann der Ladestrom kurz unterbrochen wird. Denn dann sinkt die Akkuspannung etwas ab. Ob der AVR allerdings damit zurecht kommt...?