Hallo Daniel,

ehm - lies mal bitte die Installationsanleitung nochmal aufmerksam durch!
Du vermischst da gerade die Windows Installation mit der Linux Installation. Das steht aber eindeutig dabei was wozu gehört.

Mehr als WinAVR installieren brauchst Du unter Windows nicht!
(mal abgesehen von den anderen Sachen wie dem RP6Loader und den Beispielen... )

MfG,
SlyD