Für eine wirklich genaue Zeitmessung gibts die ICP funktion, allerdings nur beim 16 Bit Timer (Timer1 beim Mega. Da kann auch längere Zeiten zyklengenau messen. Im wissenbereich unter timer-avr ist da eine Beispiel code drin. Da ist auch gleich ein beispiel für den Interrupt der eine Variable hochzählt mit drin.