Bei PWM Betrieb fleiß nicht viel weniger Strom durch den Motor. Der Strom fließt nur zum Teil durch eine der Freilaufdioden statt durch den Transistor. Für die Wärmeabgabe bleibt das aber ziehmlich gleich. Warum die LED flackert kann ich auch nicht genau sagen, aber das könnte auf ein zusammenbrechen der Spannungsversorgung hindeuten. Eventuell aber auch nur eine schlechte Masseführung.