Du würdest mit den 100nF an AREF ja nicht den Spannungspegel ändern sondern nur stabilisieren. Gerade wenn du die Referenzspannung von aussen per Kabel holst, würde ich den verbauen, damit auf der Leitung eingestreute Störungen nicht auf den ADC wirken.

Ich löte SMD-Widerstände immer, indem ich ein Pad verzinne, den Widerstand dann ins flüssige Lot schiebe und dann die andere Seite mache.
Mit Kleber wirst du auch wieder Probleme mit dem Ausrichten bekommen.
Ich lege sie einfach auf die Platine und schiebe sie von oben in Position. Dabei kann gerne auch mal einer vom Tisch hopsen, aber das sind Teile, die ich eh immer doppelt kaufe. Frisch gesprüht mit Kontakt Chemie Lötlack SK10 (einfach Kolophoniumlösung aus der Sprühflasche) kleben die kleinen Dinger auch so gut an der Platine.