Du müsstest dir einen AVR910 oder STK500 kompatiblen Programmer besorgen und ihn am ISP-Stecker es Boards anstecken.
Sonst musst du bei PonyProg bleben.
Mit welchem Compiler arbeitest du sonst? Ich möchte keine Werbung machen, aber das AVR-Studio ist frei und ein USB-Programmer ist sicher die längerlebigere Lösung.