Wenn das Signal sauber ist und nicht entprellt werden muss, ist ein AVR damit schon deutlich unterfordert. Am simpelsten wäre wohl ein externer Interrupt, der zb auf der steigenden Flanke auslöst und dann jedesmal den Ausgang toggelt. Ließe sich genausogut mit nen bisschen Logikgattern bauen.

Die Frequenz dürfte ja einige Hundert Hz nicht überschreiten, nehme ich bei Drummachine mal an...