Ich vermute ein ganz anderes Problem. Eine IR Led lässt sich sehr leicht zum blinken bringen (auch wenn es nicht sichtbar ist) aber die Empfangsdiode (allein) wird kein Digitalsignal liefer sondern eine Spannung zwischen 0 und X je nach dem wie stark das IR Signal ist. Daraus lässt sich aber mit einer kleinen Schaltung ein Digitalsignal basteln und damit dann ein µC ansteuern in der Theorie.