da du hier einen anderen Übertragungsweg hast, ist das immer möglich.

Du programmierst über die ISP-Schnittstelle, dabei wird der RESET-Anschluss benützt.
Durch den kann die Programmiersoftware die normale Arbeitsweise vom µC ab-/unterbrechen und ihn programmieren.
Solange der µC angeschlossen ist, kannst du ihn programmieren.