Hallo pebisoft,
ich kann mir nur noch einen Hardware-Fehler als Ursache denken.
scl und sca an den richtigen Pins? (Beim Mega16 DIP sind das Pin5 und 6)
Da Port B5 (Pin Nr6) gleichzeitig vom Programmierinterface benutzt wird, solltest du das vielleicht mal abklemmen. Bei einem Quick&Dirty-Interface gibt es da manchmal tolle Effekte.
Pullups (~10k) angeschlossen?
WP vom 24c65 könntest du auf Masse legen...poste doch einfach mal deine Schaltung.
Gruß, Michael

PS: Wenn der 24c65 an der C-Control funzt, geht er _garantiert_ auch mit dem AVR.