Hallo,
Deinen Regler kenne ich nicht. Du beschreibst einen typischen RC-Modellbau-Motorregler, der eben am Steuereingang alle 20 ms einen Impuls von 1.0 ms - 2.0 ms Länge erwartet. Daraus wird dann intern ein PWM-Signal erzeugt, das, wie Du sagst, bei 8 kHz liegt.
Ohne Datenblatt kann ich nur hypothetisieren, dass Du den Regler mit einer Ansteuerung für ein Servo (findest Du oft beschrieben) mit einem Fernsteuerempfänger oder Deinem ATmega ansteuern kannst.
Gruß
Fred
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