Es könnte ein bischen eng werden...
aber evtl. kannst du einen Bootloader schreiben, der das Programm von einer SD oder MMC Karte lädt.
Beim Mega32 darf der Bootloader maximal 2k groß sein, und da drin musst du eine simple FAT16 bzw. FAT32 Implementierung unterbringen, sowie einige weitere Kleinigkeiten um das Programm dann letztendlich in den Flash-Speicher zu kopieren. Erfahrungswerte dazu habe ich keine, ich kann dir also nicht sagen, ob man FAT32 überhaupt in <2k quetschen kann.
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