Ich Denke mal, wenn man einen Pseudocode verwenden will wird es vermutlich sehr schwierig bis überhaupt nicht gehen.
Der Pseudocode müsste ja von einem Interpreter wieder in Maschinencode umgewandelt und dann wieder in den Flash geschrieben werden.
Wo soll dann dieser Interpreter hin?
Im Bootloader kann er eigentlich nicht sein, es sei denn man kopiert ihn dann vom Bootloader in den Flash und startet ihn dort.

Der Flash Speicher hat auch nur eine begrenzte Anzahl von Schreibzyklen.
Eine Überprüfung ob sich der Code des EEPROM beim Einschalten des µC nicht schon im Flash befindet müsste somit auch gemacht werden.

Mit Maschinencode wäre das einfacher, da ja kein Interpreter benötigt wird.
Einen echten Vorteil dieser Methode kann ich auch nicht wirklich erkennen.

Es sei denn man möchte Spiele mit wechselbaren EEPROM Einschüben programmieren - Aber ich denke dafür sind die AVR Controller nicht unbedingt geeignet.