Hi,
ich habe mal ähnliche Sachen ebenfalls mit dem MegaLoad gemacht.
Die Prozedur, die du scheinbar erreichen möchtest, hatte ich so gemacht:
Microsyl Bootloader in den Mega geflasht (keine Lockbits setzen).
Per Bootloader die Anwendung geladen. Wenn alles läuft (Anwendung und erneutes Flashen per Megaload) kannst du den ATMega mit deinem Programmer wieder komplett auslesen und du erhältst deine Anwendung + Bootloader hinten dran als Bin bzw. Hex File.
Dieses kannst du in deine anderen Controller flashen und bei Bedarf auch die Lockbits entsprechend setzen.